Contents
  1. 1. 输入文件
    1. 1.0.0.1. POSCAR
    2. 1.0.0.2. INCAR
    3. 1.0.0.3. KPOINTS
    4. 1.0.0.4. POTCAR
  • 2. 跑计算
  • 3. 作图
  • 这是按照VASP官方wiki的这篇教程进行的:
    https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Fcc_Si

    ##任务
    针对 fcc 结构的硅晶体,用VASP做晶格常数优化
    Lattice constant optimization for fcc Si.

    输入文件

    POSCAR

    表示晶格的几何结构参数和位置信息。

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    fcc Si:
    3.9
    0.5 0.5 0.0
    0.0 0.5 0.5
    0.5 0.0 0.5
    1
    cartesian
    0 0 0

    第一行是注释,可以写体系名称。
    第二行是晶格尺寸放大因子,并不是一般意义的晶格常数。
    第三行到第五行是晶格的三个基矢的坐标表示。
    第六行是一个原胞中每种原子的个数,fcc Si 体系只有一种原子,故写 1。
    第七行表示选择 Cartesian 模式,也就是接下来的原子坐标是相对值,实际值应该是相对值乘以晶格常数。如果是 direct coordinates (respectively fractional coordinates) 模式,也就是相对分数坐标,这里是以晶格基矢作为单位长度。如下图

    第八行表示一个晶胞中,硅原子的位置相对坐标。

    INCAR

    VASP最重要的输入文件,决定如何进行计算,包含诸多计算设置参数

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    System = fcc Si
    ISTART = 0 ; # WAVECAR not exists
    ICHARG = 2 ; # ICHARG = 2 if ISTART=0
    ENCUT = 240 ; # ENMAX
    ISMEAR = 0; # Gaussian smearing
    SIGMA = 0.1;

    KPOINTS
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    k-points
    0
    Monkhorst Pack
    11 11 11
    0 0 0
    POTCAR

    POT这部分我不懂,我用的是这个文件夹里的Si的POTCAR,先解压,然后在挪到 node0 上面

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    zcat /share/apps/src/vasp/pseudopotential/pot/Si/POTCAR.Z > POTCAR
    scp POTCAR node0:

    跑计算

    将以下代码复制保存到 loop.sh 脚本,并将 BIN = xxx 那一行改成服务器上VASP的位置,用 qsub loop.sh 在服务器上提交任务。

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    #! /bin/bash
    BIN=/path/to/your/vasp/executable
    rm WAVECAR SUMMARY.fcc
    for i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
    cat >POSCAR <<!
    fcc:
    $i
    0.5 0.5 0.0
    0.0 0.5 0.5
    0.5 0.0 0.5
    1
    cartesian
    0 0 0
    !
    echo "a= $i" ; mpirun -np 2 $BIN
    E=`awk '/F=/ {print $0}' OSZICAR` ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
    done
    cat SUMMARY.fcc

    执行之后输出

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    3.5 1 F= -.51818779E+01 E0= -.51796045E+01 d E =-.454679E-02
    3.6 1 F= -.53717498E+01 E0= -.53703293E+01 d E =-.284111E-02
    3.7 1 F= -.54745572E+01 E0= -.54725053E+01 d E =-.410370E-02
    3.8 1 F= -.55139872E+01 E0= -.55125659E+01 d E =-.284275E-02
    3.9 1 F= -.55018762E+01 E0= -.55003451E+01 d E =-.306218E-02
    4.0 1 F= -.54504318E+01 E0= -.54498438E+01 d E =-.117605E-02
    4.1 1 F= -.53649281E+01 E0= -.53640947E+01 d E =-.166693E-02
    4.2 1 F= -.52519565E+01 E0= -.52504712E+01 d E =-.297049E-02
    4.3 1 F= -.51208484E+01 E0= -.51188572E+01 d E =-.398253E-02

    也就是我们依次将晶格常数设置成3.5到4.3中的值,然后跑VASP计算,并且将计算结果中的能量值挑出来画图。我在OUTCAR里找到对应的能量值,发现在文档最后面。

    OUTCAR里Free energy

    另外我还找到了 energy-cutoff 等于240.00 eV,不知道为啥我在 POTCAR 里没找到

    Energy-cutoff

    作图

    用 gnuplot 作图,可能先要下载 gnuplot,然后开启服务器图形功能, 通过ssh -X -Y 登录主机。

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    gnuplot
    gnuplot> plot "SUMMARY.fcc" using ($1):($4) w lp

    晶格能量与晶格常数关系图
    可见晶格常数为3.8 A 时,体系能量最低。

    Contents
    1. 1. 输入文件
      1. 1.0.0.1. POSCAR
      2. 1.0.0.2. INCAR
      3. 1.0.0.3. KPOINTS
      4. 1.0.0.4. POTCAR
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