Contents
  1. 1. INCAR
  2. 2. POSCAR
  3. 3. KPOINTS
  4. 4. POTCAR
  5. 5. 如何画 pDOS 图

先将第一步:结构优化的 INCAR, CONTCAR, POTCAR, KPOINTS, CHGCAR 复制到新的文件夹,再修改这些输入文件如下

INCAR

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    SYSTEM = CrI3 bulk
ISIF = 3
NSW = 0
NELM = 400
EDIFF = 1E-7
PREC = High
IBRION = -1
ISMEAR = 0
LORBIT = 11
ISPIN = 2
ENCUT = 600
#vdw
# GGA = RE
# LUSE_VDW = .TRUE.
# AGGAC = 0.0000

这是 PBE 不加 vdw 的 INCAR

POSCAR

将上一部结构优化得到的 CONTCAR 作为这一步的 POSCAR

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CrI3 bulk system
1.00000000000000
8.4948565237491938 0.3188674864886781 0.2147426845897321
5.3723182144031121 6.5880545062782288 0.2147395593678447
5.3723165345651944 2.6758306878121640 6.0239956371324332
I Cr
6 2
Direct
0.4305085844975093 0.0705276845480089 0.7902371517766910
0.5694915775024970 0.9294722774519877 0.2097628082233129
0.7902370857766854 0.4305085834975083 0.0705276795480113
0.2097628152233101 0.5694914905024910 0.9294722964519868
0.0705276515480076 0.7902372297766965 0.4305085504975075
0.9294723334519875 0.2097628032233027 0.5694914305024948
0.1666048430033849 0.1666048680033826 0.1666048420033882
0.8333950439966166 0.8333952229966145 0.8333951389966140

0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00
0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00

KPOINTS

K 点取得更密了一些

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k-points
0
Monkhorst Pack
12 12 12
0 0 0

POTCAR

无需更改,与之前相同即可

如何画 pDOS 图

根据计算结果画 pdos (Partial Density of States)图,我是采用了实验室大师兄的 python 脚本 来画图的,首先需要将脚本下载到家目录下,然后在家目录下的 .bashrc 里加上下面一行代码

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# add path of pyband to PATH
export PATH=/public/home/why/pyband/:${PATH}

之后就可以直接使用 pybandpybos 命令了

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$ grep E-fermi OUTCAR | tail -1 | awk '{print $3}'
4.5244
$ pydos -p '1 2 3 4 5 6' -p '7 8' -z 4.5244 -x -8 4 -y -15 15

以上命令的意思是,先从 OUTCAR 里读出 E-fermi 的值,然后作图的时候横坐标减掉 E-fermi -z 4.5244。然后画出第1,2,3,4,5,6个原子的总的 pdos 和第7,8个原子总的 pdos -p。最后 -x, -y 分别设置了 x, y 轴的范围。

这个pydos脚本,是从 PROCAR文件中读取数据作图的,PROCAR文件格式大概是这样

图片来自网络

二维碘化铬单层的PROCAR

第一行显示了一共有多少个 K-points, 已经多少条 bands,和多少个 ions

二维碘化铬单层计算的 PROCAR

可见一共有15个K点,但出现了两遍,这是因为INCAR里设置了ISPIN = 2,这两套K点分别表示 spin up, spin down 的电子。

以下是 CrI3 bulk 的 pdos (partial density of states) 图,是 PBE+vdw 的计算结果。由于我们 POSCAR 里前六个原子是 I, 后两个原子是 Cr,故图像中 P_0 曲线对应的就是 I 原子的 dos,P_1 曲线对应的是 Cr 原子的 dos。同时正半轴表示 spin up,负半轴表示 spin down 的分量。并且在费米面(能量零点)附近,都是 spin up 分量比较多,可见这个体系有自旋极化。

pdos of bulk CrI3 using PBE+vdw

对比实验中给出的pdos图,还是挺像的。

pdos of bulk CrX3 using PBE

不加 vdw 的看起来差别不是很大

pdos of bulk CrI3 using PBE

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  5. 5. 如何画 pDOS 图